内分泌系统是机体主要的机能调节系统，他直接地调节着机体内各器官，系统的机能，而睡眠与中枢神经的生理作用这一关系是紧密分不开的，作为一种调节机制，睡眠是通过下丘脑用于调节内脏的活动及激素内分泌，而神经内分泌不仅取决于中枢神经的指令，更是生命体本有的“生物钟”的活动周期。从生理学来说，生物钟本就是DNA起遗传作用的记忆编码，如下丘脑组织，在人体深度睡眠下，平均夜晚10点钟左右会分泌还原性谷胱甘肽、超氧化物歧化酶（SOD）等等，这些都是不可合成的人体必需激素，主要用来修复细胞的损伤，促进细胞的增值与分化，确保各组织、各器官的正常生长、发育。